Ideja o potrebi formiranja ustanove koja bi kontrolisala javna sredstva nalazila se još u ustavima Srbije iz 1835. i 1838, ali realizovana je iz političkih potreba posle dinastijske smene Obrenovića Karađorđevićima 1842. Novi režim formirao je ad hok komisiju, u okviru Državnog saveta, zakonodavnog tela i najvažnijeg centra moći u zemlji, za istragu ranije počinjenih pronevera državnog novca. Iz privremenog, komisija je prerasla u stalni organ.
Prvi zakon o Glavnoj kontroli donet je 1844. Njena dužnost je bila da pregleda račune svih javnih ustanova, radi na poboljšanju računovodstva u zemlji i obavlja redovne i iznenadne kontrole faktičkog stanja novca u kasama raznih državnih nadleštava. Izveštaje o radu podnosila je Državnom savetu. Prvi načelnik Glavne kontrole bio je dotadašnji računovođa Saveta, Jovan Ninić. Preostali personal činila su isprva još samo tri računoispitatelja, tj. revizora. Njihov broj je postepeno uvećavan.
Blagajnici državnih ustanova su u to vreme za tačnost podnetih računa odgovarali ličnom imovinom. Ipak, Glavnoj kontroli zakonom nisu bila data sudska ovlašćenja, tako da su se nedostaci koje bi otkrila u računima mogli naplatiti samo u redovnom sudskom postupku, uz prethodno stavljanje hipoteke na imovinu blagajnika. Ovo je bio jedan od osnovnih nedostataka u ustrojstvu Glavne kontrole. Otklonjen je novim zakonom iz 1858, kada su rešenja Glavne kontrole po pravilu postala izvršna.